Režim DPH se vybírá podle právního důvodu, proč je položka bez daně, ne podle výše sazby. Ve Fakturách webu ho nastavíte pro celou fakturu v poli Režim DPH, nebo pro jednotlivé položky ve sloupci u položky, pokud potřebujete na jedné faktuře kombinovat zdaněná a nezdaněná plnění. Neplátce DPH režim nevybírá.
Na výběr je běžné plnění se sazbou, přenesená daňová povinnost (DPH odvede odběratel, tuzemská podle § 92a a násl. i služby firmám v EU), osvobození od daně (§ 51 a násl.), dodání zboží do jiného státu EU (§ 64), vývoz zboží mimo EU (§ 66), průběžné položky mimo předmět daně (§ 36, částky vynaložené jménem a na účet odběratele, například soudní poplatek nebo kauce) a služba s místem plnění mimo EU (§ 9 odst. 1). Na PDF faktuře se režim projeví hvězdičkou u položky a legendou pod QR kódem.
Při exportu faktury do UBL nebo ISDOC dostane každý režim jinou kategorii DPH a kód důvodu osvobození, podle kterých příjemce fakturu správně zaúčtuje.